1.浮游植物不足：在春秋季節，溫度變化較大的時候，養殖水體中的浮游植物不足（主要是由于低溫營養不足，天氣不好，除草劑的使用等）引起藻對氨氮的吸收能力減少，使得 硝化細菌對氨氮負荷加大，如果亞硝酸鹽的濃度超過菌群轉化亞硝酸鹽的能力，就會導致亞 硝酸鹽的積累。
2.氨氧化細菌和硝化細菌繁殖速度不對等：硝化細菌兩個階段的微生物群體在養殖期間先后建立起來，由于第一階段的氨氧化細菌繁殖速度比第二階段的亞硝酸鹽氧化細菌快，先 形成種群優勢，導致前期亞硝酸鹽大量積累，在養殖開始后的大概 20-30 天亞硝酸鹽氧化細菌開始形成優勢，繼而亞硝酸鹽才開始轉化為無毒的硝酸鹽，直到 45-55 天亞硝酸鹽含量會降到很低。
3.養殖密度過大，浮游植物不足或天氣急劇變化導致系統溶解氧下降，將出現有利于反硝化作用的條件，當環境中同時出現能量物質不充足時，反硝化作用進行不徹底會造成亞 硝酸鹽的積累。
4.新建養殖池塘：由于挖去含微生物豐富的表層土，養殖初期池塘中有效微生物缺乏， 會出現硝化細菌種群發展不平衡的現象，另外在池塘換水時過多的使用自來水，井水也會造 成亞硝化和硝化兩種功能種群的不平衡，導致養殖初期亞硝酸鹽的積累，不過，當養殖系統 中硝化細菌的兩種功能種群發展平衡后，硝化作用就不會再導致亞硝酸鹽的積累，因為硝化 系統完善的養殖水體中，硝化細菌受環境因素的影響比氨氧化細菌要小，其轉化亞硝酸鹽的 速度往往超過氨氧化細菌產生亞硝酸鹽的速度。
二、生態處理方法
1.培養或增加優質藻類：通過藻類對氨氮的吸收，使氨氮對亞鹽的轉化減少，提高藻類濃度以吸收更多的亞硝酸鹽，促進亞硝酸鹽向硝酸鹽轉化，減少亞硝酸鹽的積累。
2.添加具有去除亞硝酸鹽能力的微生態制劑，硝化細菌在有氧條件下可將亞硝酸鹽轉化為硝酸鹽而被藻類利用，從而起到凈化水質的作用。自然界中硝化細菌廣泛存在，但因其繁殖時間長（約 20 小時一個繁殖周期），限制了硝化細菌的應用效果。
3.在養殖前期，要創造條件促進硝化菌的生長，建立起硝化體系，除保證充足溶氧外， 有研究表明，向模型體系中投加 M0 元素（亞硝酸氧化酶的活性中心 M0 一 Fe 一 S 蛋白） 在一定程度上促進了硝化作用的進行，縮短了亞硝酸鹽積累所持續的時間，并加快了亞硝酸鹽轉化為硝酸鹽的速度。
4.在養殖密度過高或養殖池塘溶氧比較低時，要創造反硝化細菌的適合生長條件，促進反硝化作用對氮的轉化，比如：在養殖水體中投加能量物質（有機酸等），能夠促進反硝化作用的進行，但是能量物質一定要投放充足，不然會導致反硝化作用進行的不徹底，僅能完 成硝酸鹽向亞硝酸鹽的轉化，亞硝酸鹽無法進一步轉化為 N2，造成亞硝酸鹽的過度積累。
